Ve čtvrtek 16. března vydal Hitler na Pražském hradě Výnos o zřízení Protektorátu Čechy a Morava. Čeští Němci se tímto stali občany Německa. Češi se stali občany nového Protektorátu. Česko-slovenská vláda byla přejmenována v nezměněném složení na vládu protektorátní, která byla navenek zbavena odpovědnosti za obranu, mezinárodní záležitosti, komunikační a celní služby. Češi byli podřízeni svým vlastním zákonům, pokud tyto zákony nebyly v rozporu s německými. Říšský protektor se sídlem v Praze zajišťoval, že česká vláda jedná v souladu s německými zájmy. Mohl vetovat české zákony a propouštět české ministry. Pravomoci vyhrazené říšskému protektorovi zaručovaly, že veškeré rozhodnutí českých představitelů bude podřízeno libovůli nacistických pánů v Berlíně.